初日は朝から八幡神社境内の清掃が行われ、湯立神事、例祭式が実施されて午前が終了となる。夜７時より神社社殿に役員等が集まり夜殿祭を行う。終了後、神輿への御霊移しが行われ、神事の終了したのち役員数名がホラ貝を吹きながら島を練り歩き、御霊移しの終了を島内の人々へ知らせる。その後、宮番のための２名（または１名）を残し、初日は終了となる。２日目は朝から神輿の宮出しが行われ、島内から御旅所を経て夜に宮入りとなる。３日目の朝、社殿で宮座式が行われ、その後「クジトリ」が実施される。クジトリでは新年の当屋が決められ、祭りが終了となる。

佐島の秋祭りでは、例祭前に夜殿祭、例祭後に宮座式が行われており、県下では佐島と弓削島でのみ見られる。夜殿祭・宮座式では、それぞれ「おのぼりさん・おくだりさん」と呼ばれる左右に列座した関係者が神酒を回し飲みする独自の神事が実施される。近年は、佐島の祭りを知ってもらうことを目的に、観光客などの見学者に対してもこの神事への参加を可能としている。